物理的防除:太陽熱や蒸気で土壌を熱消毒する。
生物的防除:天敵などを導入して病害虫を駆除する。
このほか、病害虫に対する抵抗性品種の開発も考えられていますが、なかなか決め手はありません。
それだけにモントリオール議定書の例外規定の「農業用に不可欠な用途」である、
（１）臭化メチルを使用しないと病害虫による経済的損失が大きい。
（２）代替技術の開発に努めたが、うまくいかない。
（３）放出される量を最小限にする努力がなされている。
という3つの条件をなんとか満たして、適用除外を受けようとする動きもあります。
