有機食品に20年以上の歴史があり、厳しい規格基準をとってきた民間認証団体と、農務省との間には、有機食品の定義や資材の範囲などに意見の違いがみられます。
いずれにしても、法律はつめの段階です。
国際的な基準づくりがコーデックス委員会で進められています。
アメリカ案とEU案が真っ向から衝突することになりましたが、有機農産物の場合、加工食品に使われる有機原料の割合は70%以上で、遺伝子組換え原料は認めないなどEU案が受け入れられました(99年6月コーデックス委員会総会)。
また、有機畜産物では、遺伝子組換え体は飼料に使えないこと、反すう家畜は85%、非反すう家畜は80%の有機飼料であればよい、成長促進剤、安定剤、着色料は使えない、輸送にあたって電気むちやトランキライザー(精神安定剤)は使えないことなどが提案されています。