このような規制をしても、農薬を使う人(主に農家)が間違った使い方をしたりすれば、食品となるべき農作物に農薬が残留したり、時には農家自身の健康障害を招いたりします。
このため国は農薬安全使用基準を定め、農薬の種類ごとに使用時期・方法などを公表して、農薬を使用する者がこれを順守することが望ましいとしています。
これを受けて、都道府県でも同様の基準や指針(たとえば農薬安全使用指針や農作物病害虫防除基準など)を公表し、農家に対する農業技術の指導機関である農業改良普及センターや農協営農指導員などのテキストとしています。
